母猪发病后对新生仔猪有保护作用，说明通过初乳使仔猪获得被动免疫，这为研制该病的疫苗，提供了可靠地依据。国内外学者，在免疫方面做了大量的工作。日本、匈牙利等国取得了一些进展。中国农科院哈尔滨兽医研究所研制成功的猪传染性肠胃炎弱毒疫苗，对3日龄仔猪主动免疫效果很好；给妊娠母猪肌注射或鼻内接种后，则对其3日龄哺乳仔猪的被动免疫保护率达95%以上。

在治疗方面常用药物没有疗效，康复猪的全血或血清令新生仔猪口服，有一定的预防和治疗作用。发生猪传染性肠胃炎的猪舍应立即隔离病猪，用2%—3%火碱消毒猪舍、运动场、用具、车辆等。发病猪与健康猪严格隔离，将损失控制在最小范围内。